第1集剧情
平行世界打破宁静暗杀背后曝光恐怖计划
第二季开始，从世界B叛逃的原战略部秘书爱丽丝B潜入A世界，和这边的爱丽丝A及她的丈夫赫伯特组成了三口之家。为了防止靛蓝计划曝光，
A世界管理层也给战略部
为了阻止娜雅通过调查发现克莱尔的真实身份，奎尔听从了
克莱尔给了奎尔B世界大使兰伯特的信使埃德加接头的时间和地点。埃德加被捕后，奎尔亲自审问了他，得到了兰伯特藏身地在萨克洛夫。克莱尔在陪同父亲时兰伯特出现在附近，克莱尔与之接头后被告知克莱尔并不是他唯一的情报来源，他也有自己的情报渠道。兰伯特还自称是情报贩子，并给了克莱尔在通道关闭前送来了最后一批指令，要她激活静默特工。看来B世界潜伏的数量相当多，克莱尔也并非是最高的领导人。
相对宇宙第二季剧照
娜雅约霍华德B进行了一次谈话，并暗示他之所以能来战略部工作是因为他的夫人之前就在战略部工作。询问他刚刚知道夫人艾米莉A的真实身份后是什么感受，霍华德B老练地说还在适应中。
艾米莉A苏醒回到家中，但因大脑受了伤，记忆出现了断层。霍华德B悉心照顾，建议她去一些以前熟悉的场景，以唤醒记忆，她来到车祸现场，记忆有了些恢复，车祸的情景及秘密情人安德烈出现脑海。随着持续地训练，记忆逐步恢复，开始为隐瞒欺骗丈夫自己的真实身份是战略部特工而痛恨自己，为阻止丈夫升职自责。霍华德B对她的安慰包容更令她不安。
娜雅对奎尔抓获埃德加的消息来源产生怀疑，她旁敲侧击想让奎尔透露内情让奎尔不安。他找到霍华德B让他在会计处为他伪造支付线人情报费应付娜雅一关。埃德加在监狱身亡，娜雅直接告知奎尔内部还有潜伏的特工。奎尔回到家中质问克莱尔究竟潜伏了多少特工，克莱尔承认了埃德加的事是她下令的，并说这一切都是为了保护奎尔保护女儿的安全。奎尔一度感动，但是警醒后感觉这一切都是欺骗，奎尔精神几近崩溃。他通过录音将克莱尔的身份揭露并将录音锁进保险箱，为以后的未知的情势作预防措施。
克莱尔突然以探望艾米莉A的名义造访霍华德B家。送行中克莱尔对霍华德B说，她希望两人结盟，她们有共同的目标，并说她知道他与奎尔的停战协议，只有她好好地活着，艾米莉A也才会好好地活着。